Exploration des mécanismes de déstabilisation de l’ARN dans les condensats biomoléculaires par simulations atomistiques
L’environnement cellulaire complexe et dense influence profondément les propriétés structurales et les fonctions des biomolécules, dont l’ARN. Les condensats biomoléculaires représentent notamment un principe émergent pour la compartimentation de l’ARN et sa régulation. Malgré leur importance, notre compréhension de leur organisation à l’échelle moléculaire et de leurs effets sur la structure de l’ARN reste limitée. Dans cette étude, nous utilisons des simulations atomistiques pour étudier les propriétés de l’ARN dans un environnement peptidique dense ressemblant à des condensats biomoléculaires. Nos résultats révèlent que cet environnement déstabilise les structures secondaires de l’ARN et favorise l’extension des conformations non natives. Notamment, la composition des peptides – notamment riches en arginine ou en lysine – module le comportement de l’ARN, suggérant que les variations de composition des condensats peuvent ajuster finement l’activité de l’ARN en bonne santé et dans la maladie.
