Structure, dynamique et fonction des biomolécules par RMN

Plateau de Bio-informatique (BIOINFO)

 

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Responsable technique : Jean-Luc Pons

 

Materiels techniques

 

étude type en Bio-informatique

 

o 1 : Analyses prédictives des structures primaires

Une série d'analyses à partir de la séquence de la protéine d'intérêt (et de ses homologues) sera effectuée pour notamment connaître l'existence potentielle de domaines fonctionnels et structuraux, de segments transmembranaires. Les caractéristiques biophysiques macroscopiques (masse moléculaire, pI, ...), mais aussi les biais de compositions en acides aminés ou la présence de certains résidus importants pour les caractérisations expérimentales (méthionines, cystéines, tryptophanes, ...) seront déterminées.

Utilisation d'un méta-serveur spécifique, développé par J. Gracy : PAT (http://pat.cbs.cnrs.fr)

o 2 : Modélisation macromoléculaire

Différents protocoles seront à envisager en cascades suivant les résultats obtenus à chaque étape et la difficulté attendue aux étapes suivantes : comparaisons séquences-structures, prédiction du site actif, construction de modèles complets, détermination des ligands potentiels, évaluation et raffinement. Ces différentes étapes seront éffectuées à l'aide du serveur @TOME (http://atome.cbs.cnrs.fr)

A basse identite de sequence (15-25%) : A discuter avec les coordinateurs

A haute identite de sequence (> 25%) : A priori automatique. avec @TOME

 

Plateau de Biophysique (Biophys)

 

Responsable scientifique à contacter : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

Responsables techniques : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. , Jean-Bernard Fiche

 

Matériels techniques

 

Etude type en Biophysique

o 1 : Objectif

Cette plateforme propose un ensemble d'approches basées sur la spectroscopie de fluorescence applicables à des études d'interactions entre biomolécules et de dynamique structurale (repliement, assemblage, diffusion, fluctuations, changements conformationnels). Contactez Emmanuel Margeat ou Caroline Clerte pour discuter des possibilités d'utilisation de la plateforme et de la conception des expériences.
Ci dessous une présentation des différentes techniques utilisées au CBS (bientôt disponible).

Plateau de microscopie en champ proche (AFM)

 

Responsable scientifique à contacter : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

Responsable technique : Cédric Godefroy

 

Matériels techniques

 

Etude type en AFM

 

o 1 : Objectif

La plateforme AFM propose la caractérisation de la topologie d'échantillons biologiques, en milieu liquide ou à l'air. L'analyse peut se faire en mode contact ou oscillant (pour les échantillons fragiles). Contactez Pierre Emmanuel Milhiet pour discuter de l'utlilisation de la plateforme et la conception des expériences.

Plateforme Intégrée de Biologie Structurale

La Plateforme Intégrée de Biologie Structurale (PIBS) héberge 7 plateaux dédiés à la biologie structurale intégrative. Elle est hébergée par le CBS (Centre de Biochimie Structurale) qui a été, en tant que tel, labellisé plateforme RIO puis IBiSA. Le CBS est intégré aux infrastructures distribuées françaises de biologie structurale FRISBI et d'imageries avancées FBI.

 

Rassemblant dans une même structure, toutes les méthodes classiques de la biologie structurale et des techniques de pointe de biophysique, la plateforme PIBS offre une combinaison unique d'outils permettant la caractérisation optimale des organisations structurales des macromolécules biologiques, de leur dynamique et de leurs associations :

- modélisation macromoléculaire et de complexes protéine-ligands,
- radiocristallographie à haute résolution (missions régulières au synchrotron),
- spectroscopie liquide par Résonance Magnétique Nucléaire (600MHz, 700MHz avec cryosonde, 800MHz avec cryosonde et passeur d'échantillon),
- cryo-microscopie et cryo-tomographie électronique (FEG200),
- microscopie à force atomique,
- microscopies de fluorescence (smFRET et suivi de particules uniques),
- spectroscopies à fluctuations de fluorescence (FCS et FCCS),
- pinces optiques et magnétiques.

 

Si vous désirez faire appel à l'un de nos 7 plateaux, contactez directement le responsable par mail. Les coordonnées des responsables sont affichées dans l'onglet plateau correspondant. Si vous avez des questions autres, relatives à la plateforme, veullez contacter Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser..

 

Projets en cours (Réservé)

 

 

Plateau de microscopie électronique (ME)

 

Responsable scientifique à contacter : Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.

 

Responsables techniques : Joséphine Lai-Kee-Him

 

Materiels techniques

 

Etude type en microscopie

 

o Objectifs

Proposer à la communauté scientifique internationale des possibilités d'analyse structurales et d'étude d'interaction par cryo microscopie électronique et (cryo) tomographie électronique.

 

o Analyse structurale de particules isolées hydratées-congelées

1- Observation après coloration négative de l'échantillon et évaluation de sa qualité

But :
analyser la concentration et l'homogénéité de l'échantillon
construire un modèle initial par traitement d'image

2- Congélation et observation des échantillons hydratés-congelés

But : acquisition d'images des échantillons congelés

3- Analyse et traitement d'images

But : analyse 2D et/ou reconstruction 3D de l'échantillon/objet observé

Suivant le niveau de détail (résolution) que l'on désire atteindre, il est nécessaire de traiter plusieurs centaines (voir milliers) d'images acquises au microscope

 

o (Cryo) Tomographie électronique

Échantillons : il est possible d'effectuer des études en tomographie électronique sur des échantillons colorés, des coupes ou sur des échantillons hydratés-congelés.

Acquisition de séries d'images d'échantillon inclinées dans le microscope de -60° à +60°

Analyse et reconstruction

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