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étude type en Bio-informatique
o 1 : Analyses prédictives des structures primaires
Une série d'analyses à partir de la séquence de la protéine d'intérêt (et de ses homologues) sera effectuée pour notamment connaître l'existence potentielle de domaines fonctionnels et structuraux, de segments transmembranaires. Les caractéristiques biophysiques macroscopiques (masse moléculaire, pI, ...), mais aussi les biais de compositions en acides aminés ou la présence de certains résidus importants pour les caractérisations expérimentales (méthionines, cystéines, tryptophanes, ...) seront déterminées.
Utilisation d'un méta-serveur spécifique, développé par J. Gracy : PAT (http://pat.cbs.cnrs.fr)
o 2 : Modélisation macromoléculaire
Différents protocoles seront à envisager en cascades suivant les résultats obtenus à chaque étape et la difficulté attendue aux étapes suivantes : comparaisons séquences-structures, prédiction du site actif, construction de modèles complets, détermination des ligands potentiels, évaluation et raffinement. Ces différentes étapes seront éffectuées à l'aide du serveur @TOME (http://atome.cbs.cnrs.fr)
A basse identite de sequence (15-25%) : A discuter avec les coordinateurs
A haute identite de sequence (> 25%) : A priori automatique. avec @TOME