Bio-informatique

Notre plate-forme de Bio-Informatique (A.B.C.I.S.) donne accès à de nombreux outils de traitement en bio-informatique structurale et en chemo-informatique.

 

BioInformatics Web Site : A.B.CI.S. : http://abcis.cbs.cnrs.fr

 

Notre équipement est composé de plusieurs machines:

cluster

plusieurs serveurs Web (outils on-line):

Les outils développés au CBS sont supportés par différents serveurs:
-Serveurs Atome (3 puissants serveurs supermicro / multi Cores / HD 50 To)
-Serveur Mobyle du CBS (DELL PowerEdge R610 / 2 cores / Ram 16 Go / HD 300 Go)
-Serveur Web général d' Abcis (DELL serveur  SC1435 / 4 cores / Ram 4 Go / HD 300 Go / linux)
-Certains outils on-line sont maintenus dans des machines virtuelles (Pat, Knottin, ...).

un cluster de calcul :

Un cluster multi-noeud  (136 cores Linux/PBS)  nous offre une puissance supplementaire de calcul en cas de nécessité (cluster partagé avec les autres techniques)

un réseau informatique:

Cet équipement est inclus dans un réseau informatique sécurisé offrant de nombreux services; Pare feu, mail, connexion VPN, stockage sécurisé des données et sauvegarde, serveurs redondants,...

RMN

 
Equipement

 


spectromètre Bruker 700MHz avec cryosonde
        -Sonde TCI 5mm 
        -Sonde TXI 5mm
        -quatre canaux
        -gradient Z

700MHz


spectromètre Bruker 500MHz avec cryosonde
        -Sonde TCI 5mm
        -Sonde TXI 5mm
        -quatre canaux
        -gradient Z
500MHz



spectromètre Bruker 600MHz
        -Sonde TXI 5mm
        -quatre canaux
        -gradient Z
        -sonde BBI 5mm

600MHz

 

Radiocristallographie

   
Diffraction des rayons X au CBS

 

Le CBS héberge une suite complète d'équipements pour la cristallogénèse macromoléculaire et la diffraction des rayons X. Dans le cadre de l'infrastructure nationale FRISBI, le CBS développe la diffraction in situ en collaboration avec l'IBS (Grenoble) dans le but d'automatiser le criblage de petites molécules par radiocristallographie.

 

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

   Générateur de rayons X Rigaku MicroMax 007 HF couplé à :

 

         - Un détecteur à plaque photosensible MarResearch (mar345) associé à

           un  système de  congélation des cristaux (Oxford Cryosystem)

 

        - Une caméra CCD (Photonics) et un robot Grob (Nat-Xray) pour la

           diffraction in situ.

 

Diffracto 1

 

 

    Robots de cristallisation:  


             - Microlab star (Hamilton): 8 aiguilles + tête 96 pour remplissage des 

              boites de  cristallisation et affinement.

 

00003-1.jpg

 

 

          - nano X8  (Cartesian) pour dépot des solutions de proteines (100nl)

 

00001-1.jpg

 

       

arrow    Robot de visualisation automatique

 

                                   - R1000 (Formulatrix), contenance 1000 plaques

 

00002-1.jpg

 

Capture.png

 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Le financement des équipements provient principalement de

-  l'initiative IBiSA (diffractometre Rigaku)

-  de l'université Montpellier I (pipetage automatique Hamilton)

 - projet "Grand Emprunt" FRISBI (robot G-rob, camera CCD et armoire Formulatrix)

-  de différents financements (ANR, INCa, ...).

 

Microscope Electronique

Equipement

Microscope Electronique en Transmission JEOL 2200 FS dédié à l’observation des échantillons hydratés-congelés

Le microscope est équipé d’un canon à émission de champs (FEG) 200 kV, et d’un filtre en énergie de type Omega situé dans la colonne.
L’acquisition des images se fait soit sur des négatifs soit à l’aide d’une caméra slow scan CDD 4k x 4k Gatan. Le microscope est également équipé d’une pièce polaire de type Cryo polepiece (CRP) permettant l’observation d’échantillons biologiques et l’acquisition de série tomographique, et du système d’acquisition faible dose d’électron iMDS dédié à l’observation des échantillons hautement sensibles aux électrons. Les acquisitions de séries tiltées de -60° à 60° s’effectuent à l’aide du logiciel de tomographie Serial EM.

Propriété des images : Patrick Bron et Joséphine Lai Kee Him. Pour toute utilisation de ces images, veuillez contacter les auteurs.

JPG - 110.3 ko
Microscope Electronique en Transmission JEOL 2200 FS
JPG - 66.7 ko
Cliquer pour agrandir

 

PNG - 225.2 ko
Évaporateur carbone (Cressington 208 Carbon, Eloïse) et système d’effluvage (Pelco easiGlow 91000, Eloïse)
JPG - 34.7 ko
Station de pompage des porte-objets cryo Gatan à double entrée
PNG - 476.4 ko

 

Station automatique de congélation CP3 CryoPlunge ( Gatan) permettant la préparation d’échantillons congelés hydratés dans un environnement contrôlé.

La plateforme de Microscopie Electronique en Transmission est spécialisée dans la cryo microscopie électronique, la tomographie et dans la caractérisation des structures de protéines (molécules uniques) après analyses d’images et reconstruction à partir des clichés de microscopie.
Pour toute étude et information, veuillez contacter M. Patrick Bron pour discuter de la faisabilité de votre projet.

Quelques exemples d’images réalisées sur la plateforme :

PNG - 226.8 ko
Observation en cryo microscopie électronique de liposomes décorés par des protéines formant parfois des jonctions.
PNG - 257 ko
Complexes protéiques observés après coloration négative à l’acétate d’uranyl.
PNG - 252.7 ko
Complexes protéiques observés en cryo-microscopie
PNG - 218.8 ko
Observation de bactéries en cryo-microscopie.
PNG - 227.6 ko
Observation de bactériophage en cryo-microscopie
PNG - 249.3 ko
Observation de virus tubulaires en cryo-microscopie
PNG - 246.6 ko
Observation de polymère en coloration négative

Connexion